曹溪原本的章目次第，與正統本幾乎完全相同。正統本分全經為九章，曹溪本多一章「付囑流通第十」。十章大義，略介如次：

　　『悟法傳衣第一』，這一章正是大師最初於大梵寺一日所說之完整記錄，說明悟入摩訶般若波羅蜜，教人「但用此心直了成佛」的無上法門，以及祖師自己得法、修學的經過，是乃三轉法輪之現身作證轉也。

　　『釋功德淨土第二』，六祖在這一章開示功德的定義，並且指導我們要捨有為功德，修顯自性功德。

　　本經自此章以下，都是眾門人總結祖師三十七年教學法語，分類纂輯而成，並非一會所說。

　　『定慧一體第三』，這一章是中國佛教禪宗的心傳大本。

　　『教授坐禪第四』，這一章是宗門修行方法的總綱領，最高的指導原則。不但參禪要明瞭遵守，就是念佛人也應該記取，才能念到理一心不亂，即是上上禪。

　　『傳香懺悔第五』，這一章是講見性成佛，內容有五段：第一段，傳授「戒、定、慧、解脫、解脫知見」五分法身香，次授「無相懺悔」，滅三世罪，令得三業清淨。第二段，教發四弘誓願。第三段，授無相三皈依戒。第四段，開示一體三身自性佛，令學者悟入。第五段，說無相頌五首，旨在滅除吾人多生多劫所造罪障，罪障消除即是見性成佛。

　　『參請機緣第六』，這一章列舉十三位門人請益機緣，來做一個教、學、修行的榜樣。在這一章中，亦見祖師被機點化、說法利生之大。我們在這一章看到，古大德無論解門或是行門，莫不皆是以悟入為宗。

　　『南頓北漸第七』，這一章是對當時禪宗弘揚趨勢的記述，是史實。

　　『唐朝徵詔第八』，這一章記載當時朝廷帝王遣使引請供養、請益，師以老疾辭，及其對使者的開示，誠能發人深省。

　　『法門對示第九』、『付囑流通第十』，流通本將此兩章合併，改為「付囑品第十」。這一章是六祖教授其門人說法不失本宗宗旨的典範。